- Sark n'apparaît que pour 2 épisodes, tout comme Anna Espinosa ;
- Sloane est encore une fois grâcié et dirige une cellule secrète de la CIA : l'APO (Authorized Personnel Only). Il est de nouveau le supérieur de Sydney...
- La méchante de la saison est la 3ème soeur Derevko, Elena, la plus dangereuse, qui cherche à terminer l'oeuvre de Rambaldi;
- Cette saison marque le grand retour de Lena Olin alias Irina Derevko dans les 2 derniers épisodes.
- L'élue et le Passager vont finalement s'affronter, mais ni Sydney, ni Nadia, ne mourra (heureusement !!), cependant, Nadia ne sera que très peu présente dans la prochaine saison (à voir);
- L'oeuvre de Rambaldi est enfin révélée : ammener le monde au chaos (le déluge <o> Il Diluvio) pour le refaçonner à sa manière:
- Et le cliffhanger (qui est horrible !!!): Vaughn révèle à Sydney que leur rencontre n'est pas le fruit du hasard, qu'il n'est pas qui il prétend être, et qu'il ne s'appelle même pas Vaughn, le tout juste avant de se faire (très,très très)violemment heurter par une voiture à pleine vitesse;